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En este sentido, la organización ha calculado y propuesto caudales ambientales para los principales ríos de la Región, que sí garantizarían la conservación de esos ecosistemas fluviales.
Los caudales ambientales que se establecen para los ríos madrileños son totalmente insuficientes para mantener el ecosistema fluvial y además, en algunos ríos importantes, ni siquiera se establecen caudales ambientales mínimos, tal y como ocurre en los ríos Aulencia y Guadarrama.
Una actuación nefasta para los ríos madrileños es el proyecto que se contiene el PHDT que consiste en bombear agua desde las depuradoras del sur de Madrid hasta el embalse de El Atazar, para aportar caudales ambientales al río Jarama, y así no tener que soltar agua de los embalses. Esta actuación produciría un gran daño medioambiental, afectando de manera irreversible el Jarama medio, al sustituir su agua, actualmente limpia, por agua residual depurada, de mucha menor calidad. Se da la circunstancia de que el tramo del Jarama que va desde su unión con el río Lozoya hasta la localidad de Fuente el Saz, es actualmente el curso medio de río mejor conservado de la Comunidad de Madrid, por lo que esa actuación produciría daños ambientales irreparables.
Esta actuación, además, carece de justificación, pues actualmente el Canal de Isabel II tiene acceso al doble de recursos hídricos de los que consume. Por ello puede mantener perfectamente agua limpia que mantenga los niveles de caudales ecológicos que desde Ecologistas en Acción se propone sin afectar a sus disponibilidades hídricas.
Asimismo, Ecologistas en Acción considera que el PHDT deberían incrementar sustancialmente sus inversiones en saneamiento y depuración en la Comunidad de Madrid. La falta de inversiones de los últimos años en esa materia hace que muchas depuradoras se hayan quedado pequeñas y depuren deficientemente. Este problema se manifiesta, especialmente en los días lluviosos cuando, al no existir capacidad de depuración suficiente, derivan directamente una parte de las aguas que les llegan a los ríos, sin ningún tipo de depuración. Asimismo, deberían incluirse partidas económicas para separar las aguas pluviales de las residuales.
Por último, deberían reducirse sustancialmente las dotaciones de los regadíos del sur de la región y modernizar los sistemas de riego. Actualmente consumen varias veces más agua que la media del regadío español, lo que trae consigo que reduzcan sustancialmente el caudal del Jarama durante varios días al año, en los que literalmente inundan los campos.
En definitiva, Ecologistas en Acción considera que el PHDT presentado presenta numerosas deficiencias en lo que a conservación del medio ambiente se refiere, en la Comunidad de Madrid. Este documento condena a los ríos madrileños a mantener calidades de agua por debajo de lo aceptable. Por ello se propone su retirada o modificación .