Esta especie, catalogada en peligro de extinción, ha crecido en toda su área de distribución, de forma que en Sierra Morena se ha pasado de censar 67 parejas en 2012 a 73 este año; en Doñana de 9 a 10; y en Cádiz, de 5 a 6 parejas reproductoras. Estas cifras pueden ser aún superiores, ya que tanto en Doñana como en Cádiz se tienen indicios de la existencia de, al menos, una pareja más, y otras seis en Sierra Morena. Estos resultados confirman la tendencia positiva que viene mostrando la especie desde 1989 hasta ahora, con un 5,15% de incremento interanual.
Además del ascenso del número de parejas, los censos realizados por la Junta ha constatado un aumento del área de distribución de la especie, que se extiende desde el núcleo reproductor de Sierra Morena oriental hasta Sierra Morena central, ampliándose también el que ocupa en la provincia de Cádiz, gracias al programa de reintroducción de la especie desarrollado en la zona. Sin embargo, este año no se ha consolidado el núcleo reproductor de la Sierra de Huelva, ya que la pareja que intento criar en 2012 en Sierra Pelada no ha ocupado nido.
Según estos censos, durante 2013 han nacido 81 pollos frente a los 109 de 2012, mostrando los valores de productividad más bajos de los últimos 10 años. Este descenso de nacimientos se ha producido en toda la población ibérica y parece estar relacionado con las fuertes precipitaciones y bajas temperaturas producidas al inicio de la temporada de reproducción, aunque no se debe descartar la disminución de las poblaciones de conejo en algunos núcleos, principal presa de las águilas.
No obstante, las actuaciones realizadas por la Junta de Andalucía creando un equipo de seguimiento especializado han permitido mantener la actual tendencia de crecimiento de la especie gracias a la colaboración con propietarios de fincas con presencia de águila imperial, la reducción de las causas de mortalidad no natural de la especie mediante el arreglo y modificación de tendidos eléctricos peligrosos, la lucha contra el uso ilegal de cebos envenenados o el rescate de huevos y pollos en riesgo de muerte.
Entre las acciones llevadas a cabo por la Consejería de Agricultura, Pesca y Medio Ambiente en 2013 dentro del Plan de Recuperación de la especie destaca el salvamento de cinco pollos durante el periodo reproductor que se encontraban en peligro. Estos rescates se produjeron por cainismo (un caso en Jaén), caída del nido (un caso en Cádiz) y presentar graves heridas (3 casos en el Espacio Natural de Doñana).
Por otra parte, en lo que va de año tan sólo se ha registrado la muerte de una hembra adulta en Doñana por muerte natural al inicio de la temporada de cría, tras más de quince años de vida y sacar adelante 17 pollos volados. Además, por cuatro años consecutivos no se ha producido la muerte de ningún ejemplar envenenado en toda la comunidad.
La población actual en España del águila imperial ibérica, con unas 350 parejas, la convierte en una de las cuatro aves de presa más escasas del planeta, y en la especie de águila más amenazada del continente europeo.
