La última autorización de funcionamiento de esta instalación caducó el 5 de julio de 2009 y el titular solicitó una nueva licencia por otros 10 años. El 24 de junio de ese mismo año, el Pleno del CSN aprobó la remisión al Ministerio de Industria, Turismo y Comercio (MITYC) el análisis de límites y condiciones solicitados, en respuesta a la petición de informes correspondientes a la renovación de la autorización de la central nuclear Santa María de Garoña por un período, bien de dos, de cuatro o de seis años (informe que complementaba al dictamen técnico preceptivo que este organismo remitió al ministerio el 5 de junio de 2009, para el período de 10 años 2009-2019).
El Ministerio de Industria concedió, en julio de 2009, una autorización de explotación al titular válida hasta el 6 de julio de 2013, lo que requirió la adaptación de las condiciones a esta fecha por parte del regulador.
El CSN, de acuerdo con la Orden Ministerial de autorización de la licencia y con el Reglamento de Instalaciones Nucleares y Radiactivas (RINR), en el Pleno del 20 de julio de 2011, requirió la presentación por parte del titular, antes del 6 de julio de 2012, de los documentos oficiales asociados al cese definitivo de la explotación.
En caso de que el gobierno solicite oficialmente al CSN un cambio en este proceso, el organismo regulador, de acuerdo al RINR, estudiaría las condiciones y requisitos de seguridad aplicables a la explotación de la instalación más allá del 6 julio de 2013, que, en cualquier caso, tendrían también que contemplar las mejoras establecidas en el informe final de las pruebas de resistencia, presentadas por el CSN el pasado 22 de diciembre.