Con esta publicación, únicamente restan por publicarse tres de ellas: los ríos Eska y Biniés; río Salazar; y sistema fluvial de los ríos Irati, Urrobi y Erro.
Al este y norte, la Sierra de San Miguel limita a lo largo de la muga con Zaragoza y Huesca, desde Pintano hasta el portillo de la Contienda. Desde este punto, el límite penetra en Navarra y continúa parcialmente al río Gardalar hasta la confluencia con el río Eska. Por el oeste y sur, desde Bordaxarra el límite avanza equidistante al río Eska hasta su unión con el barranco de Ugañain. A partir de este punto, asciende por este barranco hasta Pintano en la muga con Zaragoza.
La Sierra de San Miguel, que ocupa una superficie de 3.113,52 hectáreas, alberga hábitats naturales, flora y fauna silvestre representativos de la diversidad biológica de Navarra, que en algunos casos se encuentran amenazados de desaparición en su área de distribución natural o presentan una superficie de distribución natural reducida, bien debido a su regresión o bien debido a su área intrínsecamente restringida.
El bosque ocupa el 70% de la superficie
La mayor parte de su superficie, casi el 70%, está ocupada por formaciones boscosas. Las formaciones dominantes son los pinares de pino silvestre de sustitución, extendidos por la mayor parte del área tras una rápida colonización de campos de cultivo y pastizales abandonados a lo largo del siglo XX.
Otros hábitats boscosos con representación significativa son los hayedos y xerófilos prepirenaicos, los carrascales castellano-cantábricos, los robledales de roble peloso y los pinares de pino royo basófilo.
Asimismo, con superficies más discretas se han inventariado pequeños rodales de tileras y bosque mixtos de barrancos, comunidades de corylus avellana y abetales prepirenaicos, estos últimos endémicos del subsector pirenaico occidental de Navarra.
Las formaciones de matorral y pastizal se encuentran dominadas por bojerales de orla no permanentes, que representan más del 50% de las superficies abiertas de la ZEC. En menor proporción se distinguen otros hábitats de interés como los tomillares y aligares submediterráneos, los matorrales de erizón, los pastizales mesoxerófilos, y los pastizales submediterrénos de helictotrichon cantabricum. Desde el punto de vista florístico, los pastizales y los matorrales constituyen el hábitat de especies singulares de flora.
