Este órgano está previsto en el apartado 9 del PIGRIN para evaluar el desarrollo de éste e incorporar las modificaciones e iniciativas que se consideren pertinentes a los objetivos del Plan. El pleno de la comisión de seguimiento debe reunirse una vez al año. La reunión tenía carácter constituyente y en ella se han examinado las líneas del trabajo del Plan y el funcionamiento de la propia comisión, que podrá designar grupos sectoriales de trabajo.
La comisión está formada por representantes de la Dirección General de Medio Ambiente del Gobierno de Navarra, de la empresa pública Navarra de Medio Ambiente Industrial (Namainsa), del Consorcio y de cada una de las mancomunidades comarcales de gestión de residuos, y de los agentes y entidades implicados en esta gestión.
En representación del Gobierno de Navarra, además del director general de Medio Ambiente y Agua, son miembros de la comisión, el director del Servicio de Calidad Ambiental, Pedro Zuazo, y el jefe de la Sección de Régimen Jurídico de Medio Ambiente y Agua, Félix Armendáriz, que actúa de secretario.
El Gobierno de Navarra aprobó el PIGRIN el pasado 27 de diciembre de 2010 como un instrumento de planificación estratégica para la optimización de la asignación de recursos públicos y privados a la gestión de los residuos, que define los criterios y estrategias de actuación coordinada de las administraciones y los sectores económicos involucrados en la gestión de los residuos urbanos, industriales y agrícolas.