La distinción reconoce a aquellas instalaciones que cumplen requisitos de calidad de aguas, servicios y realización de actividades de información, educación y gestión ambiental.
Los aspirantes son los puertos de Ayamonte, Isla Cristina, Punta Umbría y Mazagón, en Huelva; Rota, Chipiona y Sancti Petri, en Cádiz; Marina-La Bajadilla y Caleta de Vélez, en Málaga, y Adra, en Almería, todos de gestión directa por la Agencia Pública de Puertos de Andalucía, así como Marina Isla Canela, en Huelva; La Duquesa, Estepona y Puerto Marítimo de Marbella, en Málaga, y Marina del Este-Punta de la Mona, en Granada, todos ellos de gestión indirecta. En total, estos puertos suman 4.886 atraques, con Huelva como provincia que acumula mayor número de ellos, con 1.870; seguida de Málaga, que contabiliza 1.283; Cádiz, 1.048; Almería, 458 en Adra, y Granada, 227 atraques localizados todos en Punta de la Mona.
En 2010 ondearon 84 banderas azules en los puertos españoles, de las que a Andalucía correspondieron 13, es decir, el 15,5% sobre el total nacional, lo que la sitúa en el tercer puesto, por detrás de Baleares y Cataluña y seguida por la Comunidad Valenciana. Los puertos deportivos distinguidos con este galardón ambiental destacan por condiciones de excelencia en aspectos variados de las instalaciones en sí, de la gestión y de los servicios que se prestan en el recinto, con especial atención a aquellas cuestiones que afectan al medio ambiente, como la implantación de un sistema de gestión ambiental.
Las actuaciones desarrolladas para la mejora de las instalaciones, de su competitividad y ampliación de atraques en los puertos andaluces han provocado que este año haya aumentado el número de candidatos, pasando de 13 a 15, ya que el fin de estas obras es precisamente alcanzar los niveles de calidad exigidos para conseguir unas mejores instalaciones y, con ello, aumentar paulatinamente el número de banderas azules que ondean en las costas.